Бруклинский Аквариум расположен на берегу Атлантического океана, на Серф Авеню. От океана аквариум отделён пляжем и деревянным променадом, идущим вдоль берега. Аквариум имеет несколько павильонов и бассейн, где проводятся цирковые сеансы c участием рыб.